W latach 2004-2005 roku prowadzony był projekt ochrony żółwia błotnego na Warmii i Mazurach finansowany przez Fundację EkoFundusz, WFOŚiGW w Olsztynie oraz Wojewódzkiego Konserwatora Przyrody w Olsztynie.
Na terenie województwa warmińsko-mazurskiego wielkim sprzymierzeńcem są Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Olsztynie oraz Lasy Państwowe - Regionalna Dyrekcja Lasów Państwowych w Olsztynie i wiele Nadleśnictw, na których terenach żyje większość populacji tych cennych zwierząt. Monitoringiem i działaniami ochrony czynnej objęto dwa obszary Natura 2000 Puszczą Piską oraz Puszczę Napiwodzko-Ramucką.