Polskie Towarzystwo Ochrony Ptaków w działaniach na rzecz ochrony ptaków skupia się przede wszystkim na ich ostojach stanowiaych miejsca lęgowe, żerowiska, czy też miejsca odpoczynku w trakcie corocznych migracji. Działania prowadzone są w trzech kierunkach:

1. Ostoje ptaków PTOP - czyli miejsca gdzie w miarę naszych możliwości korzystając z wsparcia przyjaciół ptaków z całego świata wykupujemy grunty na własność Towarzystwa, a następnie zagospodarowujemy je tak ażby jak najlepiej służyły i to nie tylko tym najcenniejszym gatunkom ptaków.

2. Ostoje ptaków Natura 2000 - czyli miejsca objęte Dyrektywą Ptasią, gdzie staramy się prowadzić kompleksowe programy ochrony ptaków współpracując z lokalnymi partnerami (lasy, rolnicy, koła łowieckie).

3. Ostoje ptaków lokalne - czyli miejsca ukryte, gdzieś pośród pól, łąk i lasów, najczęściej niewielkie powierzchniowo ale dla regionu o znaczącej wartości przyrodniczej, gdzie najczęściej współpracujemy z lokalną społecznością (mieszkańcy).